Институтот ПРЕСПА работи во согласност со одредбите од Законот за здруженија и фондации (Службен весник на Република Македонија 55/2010, 135/2011 и 55/2016), како и врз основа на Законот за сметководството на непрофитните организации (Службен весник на Република Македонија 24/2003). Дополнително, Управниот одбор на Институтот одобри строг сет на оперативни политики за принципите на управување, за работата на Управниот одбор, процедурите за набавки, управувањето со човечки ресурси, финансиското работење, политиката за однесување на работодавачот и вработените, бенефициите при вработување итн.
Овластениот сметководител ја изработува завршната сметка, која потоа ја одобруваат Управниот одбор и членовите на Собранието пред да ја достават до Управата за јавни приходи. Дополнително, Извршната канцеларија подготвува годишен извештај и го доставува до Управниот одбор и до членовите на Собранието за нивно одобрување. Откако ќе биде одобрен, Годишниот извештај се објавува на веб-страницата на Институтот.